訴願受理機關，雖然享有廣泛審查權限，但是依照事件的性質，於下列情形有審查，仍有相當的限制：

（一）地方自治事務的審查限制：
訴願法第79條第3項規定：「訴願事件涉及地方自治團體之地方自治事務者，其受理訴願之上級機關僅就原行政處分之合法性進行審查決定」然而為表示對地方自治團體自治事務上的尊重，只對其所為之行政處分作合法性監督，而不得為合目的性監督。這是因為作業適當與否，地方自治團體本身有其監督機制。

（二）禁止變更不利益之限制：
訴願法第81條第1項：「訴願有理由者，受理訴願機關應以決定撤銷原行政處分之全部或一部，並得視事件之情節，逕為變更之決定，或發回原行政處分機關另為處分。但於訴願人表示不服之範圍內，不得為更不利益之變更或處分」行政機關由訴願決定主文內容作為判斷標準，此原則是基於憲法第16條訴願權利而來，目的是在避免使人民受到更不利益的處分，而心生恐懼，而可能不願意在使用訴願制度。

（三）法理上所受到的其他限制：
1.關於考試評分事件：
各種國家考試應「尊重閱卷委員所為之學術評價」。不論此項評分之法律性質歸為行政機關裁量權之行使，或認為屬於不適用不確定法律概念的判斷餘地，其他機關及行政法院均不得自行判斷，來代替典試或閱卷委員評定的分數，此為釋字第319號解釋的見解。

2.關於學生受學校處分之事件：
雖然大法官已經作出釋字第684號解釋變更先前釋字第382號解釋，「對學生所為行政處分或其他公權力措施，如侵害學生受教育權或其他基本權利，即使非屬退學或類此之處分，本於憲法第十六條有權利即有救濟之意旨，仍應許權利受侵害之學生提起行政爭訟，無特別限制之必要」然而此號解釋是針對「大學自治」，是故高中教育以下之學生，仍受到釋字第382號解釋規範：「對學生所為退學或類此之處分行為，足以改變其學生身分，並損及其受教育之機會，自屬對人民憲法上受教育之權利有重大影響……，受處分之學生於用盡校內申訴途徑，未獲救濟者，自得依法提起訴願及行政訴訟」且理由書有提及：「對於其中涉及學生之品行考核、學業評量或懲處方式之選擇，應尊重教師及學校本於專業及對事實真象之熟知所為之決定，僅及於其判斷或裁量違法，或顯然不當時，得予撤銷或變更」

3.對於學術著作評量的涉訟事件：
大法官釋字第462號解釋，即指明各大專院校所設的教師評審委員會，應尊重依據學術專業就申請人的專業知識及學術成就所作之評量，而「受理此類事件之行政救濟機關及行政法院自得據以審查其是否遵守相關之程序，或其判斷、評量有無違法或顯然不當之情事」換言之，行政救濟機關及行政法院對申請升等者之著作是否符合學術水準，行政機關應避免干涉審查。