行政法院分二級，為高等行政法院和最高行政法院。前者為事實審兼法律審，後者為法律審。其管轄：

臺北高等行政法院：管轄臺北市、臺北縣、桃園縣、新竹縣(市)、基隆市、宜蘭縣、花蓮縣、金門縣及連江縣。

臺中高等行政法院：管轄苗栗縣、臺中縣(市)、南投縣、彰化縣及雲林縣之涉及國稅部分。

高雄高等行政法院：管轄雲林縣(除國稅部分以外)、嘉義縣(市)、臺南縣(市)、高雄市、高雄縣、屏東縣、臺東縣及澎湖縣。

各級行政法院

1、高等行政法院
我國目前在台灣地區共有３所高等行政法院，依轄區區分為台北高等行政法院、台中高等行政法院及高雄高等行政法院。另為避免雲、嘉、南地區民眾奔波之苦，於台南高等行政法院未籌建完成前，先由高雄高等行政法院台南分庭（91年6月26日正式成立）採巡迴庭方式運作，受理前述地區之行政訴訟事件。高等行政法院受理除法律別有規定外，有關公法上爭議之第一審行政訴訟事件。

2、最高行政法院
我國的最高行政法院設於台北市，受理不服高等行政法院裁判而上訴或抗告的行政訴訟事件。