二者之主要區別：
1、任用資格政務官係基於政黨之選任；事務官則有一定任用資格之限制。
2、身分保障政務官隨上級長官共進退，並得隨時被任用、免職；事務官有身分保障權。
3、退休制度有無政務官無退休制度之適用，故給予退職酬勞金係混淆制度；事務官有法定退休制度。
4、懲戒種類政務官僅有撤職及申誡；事務官有撤職、休職、降級、減俸、記過及申誡。
5、職等高低政務官多為特任或比照簡任；事務官則係列委任、薦任及簡任。
6、升等制度有無政務官無；事務官則有。
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