七十四年十一月十五日修正公布之營業稅法（下稱舊營業稅法）第一條規定：「在中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應依本法規定課徵營業稅。」（嗣該法於九十年七月九日修正公布名稱為加值型及非加值型營業稅法，該條亦修正為：「在中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應依本法規定課徵加值型或非加值型之營業稅。」）同法第三條第二項前段規定：「提供勞務予他人，或提供貨物與他人使用、收益，以取得代價者，為銷售勞務。」準此，所謂銷售收入，就銷售勞務而言，係指營業人提供勞務予他人，或提供貨物與他人使用、收益，所取得之代價。

        財政部八十六年四月十九日台財稅字第八六一八九二三一一號函說明二釋稱：「汽車及船舶客運業係以旅客運輸服務收取代價為業，其因行駛偏遠或服務性路線，致營運量不足發生虧損，所領受政府按行車（船）次數及里（浬）程計算核發之補貼收入，係基於提供運輸勞務而產生，核屬具有客票收入之性質，……應依法報繳營業稅。」此一函釋將上述補貼收入，認係銷售勞務之代價，應依法報繳營業稅。惟依交通部八十七年二月四日發布之大眾運輸補貼辦法（已廢止）第十二條第一項規定：「現有路 (航) 線別基本營運補貼之最高金額計算公式如下：現有路 (航) 線別基本營運補貼之最高金額＝ (每車公里或每船浬合理營運成本－每車公里或每船浬實際營運收入) × (班或航次數) × (路或航線里、浬程)」；同條第四項並規定，該公式中之合理營運成本不得包括利潤。是依該公式核給之補貼，係交通主管機關為促進大眾運輸發展之公共利益，對行駛偏遠或服務性路線之交通事業，彌補其客票收入不敷營運成本之虧損，所為之行政給付。依上開規定受補助之交通事業，並無舊營業稅法第三條第二項前段所定銷售勞務予交通主管機關之情事。是交通事業所領取之補助款，並非舊營業稅法第十六條第一項前段所稱應計入同法第十四條銷售額之代價，從而亦不屬於同法第一條規定之課稅範圍。

        系爭函釋逾越舊營業稅法第一條及第三條第二項前段之規定，對受領偏遠或服務性路線營運虧損補貼之汽車及船舶客運業者，就該補貼收入，課以法律上未規定之營業稅納稅義務，與憲法第十九條規定之意旨不符，應不予適用。

        至於聲請人指稱最高行政法院九十七年度裁字第四六四三號裁定適用系爭函釋並據以聲請解釋憲法部分，查前揭裁定係以聲請人對同院九十七年度判字第二一號判決提起再審而未合法表明再審理由，於程序上予以駁回，並未適用系爭函釋，是該部分聲請核與司法院大法官審理案件法第五條第一項第二款規定不符，依同條第三項規定，應不受理，併此指明。