加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第五十一條第三款規定，納稅義務人有「短報或漏報銷售額者」，除追繳稅款外，按所漏稅額處一倍至十倍罰鍰，並得停止其營業。所謂漏稅額，依同法施行細則第五十二條第二項第一款規定係「以經主管稽徵機關依查得之資料，核定應補徵之應納稅額為漏稅額。」主管機關財政部就如何認定「短報或漏報銷售額」之漏稅額，作成八十九年十月十九日台財稅字第八九０四五七二五四號函（下稱系爭函）說明三謂：「又依營業稅法第三十五條第一項規定，營業人不論有無銷售額，應按期填具申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。準此，營業人之進項稅額准予扣抵或退還，應以已申報者為前提，故營業人違反營業稅法第五十一條第一款至第四款及第六款，據以處罰之案件，營業人如於經查獲後始提出合法進項憑證者，稽徵機關於計算其漏稅額時尚不宜准其扣抵銷項稅額。」依此函釋，准予扣抵之進項稅額，以納稅義務人已依同法第三十五條第一項規定申報者為限，納稅義務人於查獲短報或漏報銷售額後始提出之合法進項稅額憑證，不得依同法第十五條第一項規定：「營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額。」作為扣抵之依據，而應依所查得之銷項資料及已申報之進項稅額計算應納稅額。

        營業稅法第十五條第一項規定當期銷項稅額得扣減之「進項稅額」，以依法登記之營業人須取得同法第三十三條所列之合法要式憑證，且於申報期限內檢附向主管稽徵機關申報扣減，而據以計算當期應納或溢付營業稅額為前提要件（同法第十九條第一項第一款、第三十五條第一項、第四十三條第一項第四款、同法施行細則第三十八條第一項第一、三、四款等規定參照）。營業人若未依上開第三十五條第一項規定據實申報銷售額，致有短報、漏報銷售額之情形，即得適用同法第四十三條第一項第四款規定，依照查得之資料（包含已申報之進項稅額憑證）核定該期銷售額及應納稅額，故申報加值型營業稅，限營業人已經申報進項稅額憑證之進項稅額，始能與當期銷項稅額扣抵，以結算當期應納或溢付之營業稅額。主管稽徵機關得依照「查得之資料」，核定其銷售額及應納稅額時，將當期迄未申報之進項稅額憑證予以排除，係為貫徹同法第三十五條第一項規定由營業人當期自動申報繳納之意旨。又營業稅法第五十一條第三款規定，納稅義務人短報或漏報銷售額者，除追繳稅款外，按所漏稅額處一倍至十倍罰鍰，並得停止其營業，此漏稅額之認定方式，依同法施行細則第五十二條第二項第一款規定，亦以經主管稽徵機關依「查得之資料」，核定應補徵之應納稅額為漏稅額，尚不許營業人於查獲後始提出合法進項稅額憑證，而主張扣抵銷項稅額。至當期未申報扣抵之進項稅額憑證，依同法施行細則第二十九條規定：「本法第四章第一節規定計算稅額之營業人，其進項稅額憑證，未於當期申報者，得延至次期申報扣抵。次期仍未申報者，應於申報扣抵當期敘明理由。」尚能延期於他期申報扣抵，故不發生重複課稅之問題。

        系爭函關於營業稅法第五十一條第三款納稅義務人短報或漏報銷售額者，於經查獲後始提出合法進項稅額憑證者，稽徵機關於計算其漏稅額時不宜准其扣抵銷項稅額部分，觀其旨趣，乃係綜合適用營業稅法第十五條第一項、第三十五條第一項、第四十三條第一項第四款、第五十一條第三款及同法施行細則第二十九條、第三十八條第一項第一款、第三款、第四款、第五十二條第二項第一款所為之當然解釋，與上述法律規定之內涵及目的無違，符合一般法律之解釋方法，尤未增加法律或法律授權訂定之命令所無之限制，於租稅法律主義尚無違背。