中華民國七十八年十二月三十日修正公佈之所得稅法第十五條第一項規定：「納稅義務人之配偶，及合於第十七條規定得申報減除扶養親屬免稅額之受扶養親屬，有前條各類所得者，應由納稅義務人合併報繳。」（該項規定於九十二年六月二十五日修正，惟就夫妻所得應由納稅義務人合併報繳部分並無不同。）其中有關夫妻非薪資所得強制合併計算，較之單獨計算稅額，增加其稅負部分，違反憲法第七條平等原則，應自本解釋公佈之日起至遲於屆滿二年時失其效力。 財政部七十六年三月四日台財稅第七五一九四六三號函：「夫妻分居 ，如已於綜合所得稅結算申報書內載明配偶姓名、身份證統一編號，並註明已分居，分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理結算申報，其歸戶合併後全部應繳納稅額，如經申請分別開單者，准按個人所得總額占夫妻所得總額比率計算，減除其已扣繳及自繳稅款後，分別發單補徵。」其中關於分居之夫妻如何分擔其全部應繳納稅額之計算方式規定，與租稅公平有違，應不予援用。
憲法第七條所揭示之平等原則非指絕對、機械之形式上平等，而係保障人民在法律上地位之實質平等，要求本質上相同之事物應為相同之處理 ，不得恣意為無正當理由之差別待遇（本院釋字第五四七號、第五八四號 、第五九六號、第六○五號、第六一四號、第六四七號、第六四八號、第六六六號、第六九四號解釋參照）。法規範是否符合平等權保障之要求，其判斷應取決於該法規範所以為差別待遇之目的是否合憲，其所採取之分類與規範目的之達成之間，是否存有一定程度之關聯性而定（本院釋字第六八二號、第六九四號解釋參照）。 中華民國七十八年十二月三十日修正公佈之所得稅法第十五條第一項 規定：「納稅義務人之配偶，及合於第十七條規定得申報減除扶養親屬免稅額之受扶養親屬，有前條各類所得者，應由納稅義務人合併報繳。」（該項規定於九十二年六月二十五日修正，惟就夫妻所得應由納稅義務人合併報繳部分並無不同；下稱係爭規定）第二項前段規定：「納稅義務人之配偶得就其薪資所得分開計算稅額，由納稅義務人合併報繳。」（九十二年六月二十五日修正為：「納稅義務人之配偶得就其本人或配偶之薪資所得分開計算稅額，由納稅義務人合併報繳。」）是夫妻非薪資所得應由納義務人及其配偶合併申報且合併計算其稅額。 按合併申報之程序，係為增進公共利益之必要，與憲法尚無牴觸，惟如納稅義務人與有所得之配偶及其他受扶養親屬合併計算課稅時，較之單獨計算稅額，增加其稅負者，即與租稅公平原則不符，業經本院釋字第三一八號解釋在案。茲依係爭規定納稅義務人及其配偶就非薪資所得合併計算所得淨額後，適用累進稅率之結果，其稅負仍有高於分別計算後合計稅負之情形，因而形成以婚姻關係之有無而為稅捐負擔之差別待遇。 按婚姻與家庭植基於人格自由，為社會形成與發展之基礎，受憲法制度性保障（本院釋字第五五四號解釋參照）。如因婚姻關係之有無而為稅捐負擔之差別待遇，致加重夫妻之經濟負擔，則形同對婚姻之懲罰，而有違憲法保障婚姻與家庭制度之本旨，故係爭規定所形成之差別待遇是否違反平等原則，應受較為嚴格之審查，除其目的須係合憲外，所採差別待遇與目的之達成間亦須有實質關聯，始合於平等原則。查係爭規定之立法目的旨在忠實反映家計單位之節省效果、避免納稅義務人不當分散所得、考量稽徵成本與財稅收入等因素（參照立法院公報第七十九卷第五十九期第二十八頁及第三十一頁、財政部賦稅署代表於九十九年九月二十一日到本院之說明及財政部一○○年五月三十日台財稅字第一○○○○一九○八一○號函第十三頁）。惟夫妻共同生活，因生活型態、消費習慣之不同，未必產生家計單位之節省效果，且縱有節省效果，亦非得為加重課徵所得稅之正當理由。又立法者固得採合併計算制度，以避免夫妻間不當分散所得 ，惟應同時採取配套措施，消除因合併計算稅額，適用較高級距累進稅率 所增加之負擔，以符實質公平原則。再立法者得經由改進稽徵程序等方式 ，以減少稽徵成本，而不得以影響租稅公平之措施為之。至於維持財政收入，雖攸關全民公益，亦不得採取對婚姻與家庭不利之差別待遇手段。綜上所述，係爭規定有關夫妻非薪資所得強制合併計算，較之單獨計算稅額 ，增加其稅負部分，因與上述立法目的之達成欠缺實質關聯，而與憲法第七條平等原則有違。 上述違憲部分，考量其修正影響層面廣泛，以及稅捐制度設計之繁複性，主管機關需相當期間始克完成，應自本解釋公佈之日起至遲於屆滿二年時失其效力。財政部七十六年三月四日台財稅第七五一九四六三號函規定：「夫妻分居，如已於綜合所得稅結算申報書內載明配偶姓名、身份證統一編號，並註明已分居，分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理結算申報，其歸戶合併後全部應繳納稅額，如經申請分別開單者，准按個人所得總額占夫妻所得總額比率計算，減除其已扣繳及自繳稅款後，分別發單補徵。」（下稱係爭函；該函依財政部九十八年九月十四日台財稅字第○九八○四五五八六八○號令不再援用）係爭函係主管機關為顧及分居中夫妻合併報繳之實際困難，而在申報程序上給予若干彈性，並以分別發單補徵之方式處理。查該函關於分居之夫妻如何分擔其全部應繳納稅額之計算方式規定，係依個人所得總額占夫妻所得總額之比率計算，以致在夫妻所得差距懸殊之情形下，低所得之一方須分擔與其所得顯然失衡之較重稅負，即與租稅公平有 違，應不予援用。 關於聲請人指摘財政部七十七年三月二十五日台財稅第七七○六五三三四七號函違反憲法第七條、第十五條及第二十三條部分，查臺北高等行政法院九十六年度訴字第一九八二號判決僅於事實概要中述及該函，並未援用該函為裁判，是此部分聲請核與司法院大法官審理案件法第五條第一項第二款規定不合，依同條第三項規定，應不受理。
