一、公民投票法第十六條第一項規定：「立法院對於第二條第二項第三款之事項，認有進行公民投票之必要者，得附具主文、理由書，經立法院院會通過後，交由中央選舉委員會辦理公民投票。」旨在使立法院就重大政策之爭議，而有由人民直接決定之必要者，得交付公民投票，由人民直接決定之，並不違反我國憲政體制為代議民主之原則，亦符合憲法主權在民與人民有創制、複決權之意旨；此一規定於立法院行使憲法所賦予之權限範圍內，且不違反憲法權力分立之基本原則下，與憲法尚無牴觸。

二、公民投票法第三十五條第一項規定：「行政院公民投票審議委員會，置委員二十一人，任期三年，由各政黨依立法院各黨團席次比例推荐，送交主管機關提請總統任命之。」關於委員之任命，實質上完全剝奪行政院依憲法應享有之人事任命決定權，顯已逾越憲法上權力相互制衡之界限，自屬牴觸權力分立原則，應自本解釋公布之日起，至遲於屆滿一年時，失其效力。

        憲法第十七條另規定：「人民有選舉、罷免、創制及複決之權。」第一百三十六條復規定：「創制、複決兩權之行使，以法律定之。」足見憲法亦明定人民得經由創制、複決權之行使，參與國家意志之形成。在不改變我國憲政體制係採代議民主之前提下，立法機關依上開規定之意旨，制定公民投票法，提供人民對重大政策等直接表達意見之管道，以協助人民行使創制、複決權，與憲法自屬無違。

        創制、複決權為人民之基本權利，是公民投票案以由人民提出為原則，惟立法院代表人民行使立法權，對國家重要事項有議決之權（憲法第六十二條、第六十三條參照），對國家重要政策之形成或變更亦有參與決策之權（本院釋字第五二０號解釋參照）。公民投票法第十六條第一項規定：「立法院對於第二條第二項第三款之事項，認有進行公民投票之必要者，得附具主文、理由書，經立法院院會通過後，交由中央選舉委員會辦理公民投票。」同法第三十一條第三款規定有關重大政策案經公民投票通過者，應由權責機關為實現該公民投票案內容之必要處置。上開規定旨在使立法院於代表人民行使前述權限之範圍內，且不違反憲法權力分立之基本原則下，就重大政策之爭議，而有由人民直接決定之必要者，得依法交付公民投票，由人民直接決定之，並不違反我國憲政體制為代議民主之原則，亦符合憲法主權在民與人民有創制、複決權之意旨，尚難逕論公民投票法第十六條第一項之規定侵犯行政權，或導致行政、立法兩權失衡之情形。

        綜上所述，公民投票法第十六條第一項之規定，於本解釋意旨範圍內，與憲法尚無牴觸。

        為保障人民之創制、複決權，使公民投票順利正當進行，立法機關應就公民投票有關之實體與程序規範，予以詳細規定，尤應以法律明確規定有關公民投票提案之實質要件與程序進行，並設置公正、客觀之組織，處理提案之審核，以獲得人民之信賴，而提高參與公民投票之意願。惟立法者為上開立法時，除應本於主權在民原則妥為規範外，亦當遵循權力分立原則，對於行政院應享有之人事決定權，自不得制定法律，逾越憲法上權力相互制衡之界限，而完全予以剝奪。

        公民投票法第三十四條規定：「行政院應設全國性公民投票審議委員會，審議下列事項：一、全國性公民投票事項之認定。二、第三十三條公民投票案是否為同一事項之認定。」是全國性公民投票審議委員會係設於主管機關行政院之內，而負有特定之職掌。復按公民投票法第十條第二項規定：「審議委員會應於收到公民投票提案後，十日內完成審核，提案不合規定者，應予駁回。」第三項規定：「前項提案經審核完成符合規定者，審議委員會應於十日內舉行聽證，確定公民投票案之提案內容。」同法第十四條第二項規定：「公民投票案經審查無前項各款情事者，主管機關應將該提案送請各該審議委員會認定，該審議委員會應於三十日內將認定結果通知主管機關。」第三項規定：「公民投票案經前項審議委員會認定不合規定者，主管機關應予駁回；合於規定者應函請戶政機關於十五日內查對提案人。」同法第五十五條第一項規定：「全國性或地方性公民投票案經審議委員會否決者，領銜提案人於收到通知後三十日內，得依行政爭訟程序提起救濟。」準此，設於行政院內之全國性公民投票審議委員會，對全國性公民投票提案成立與否具有實質決定權限，對外則以行政院名義作成行政處分，行政院對於該委員會所為之決定並無審查權，領銜提案人對其決定如有不服，則循訴願及行政訴訟程序謀求救濟。

        全國性公民投票審議委員會之組織係置於行政院內，並非獨立之行政機關，而是在行政程序上執行特定職務之組織，屬行政程序法第一百十四條第一項第四款所稱「參與行政處分作成之委員會」；其職務係就個別全國性公民投票案，審議是否符合規定而屬得交由人民創制或複決之事項，具有協助人民正當行使創制複決權之功能，性質上屬行政權。因行政掌法律之執行，執行則有賴人事，是行政權依法就所屬行政機關之具體人事，不分一般事務官或政治任命之政務人員，應享有決定權，為民主法治國家行政權發揮功能所不可或缺之前提要件。該委員會既設於行政院內，並參與行政院作成行政處分之程序，故對該委員會委員之產生，行政院自應享有人事任命決定權。惟有鑑於全國性公民投票審議委員會之功能與一般行政機關須為政策之決定及執行者不同，故其委員之產生並非憲法第五十六條之規範範圍，立法院固非不得參與或以其他方式予以適當之制衡，但其制衡應有界限。

        公民投票法第三十五條第一項規定：「行政院公民投票審議委員會，置委員二十一人，任期三年，由各政黨依立法院各黨團席次比例推荐，送交主管機關提請總統任命之。」關於委員之任命，由政黨依立法院各黨團席次之比例獨占人事任命決定權，使行政院院長對於委員之人選完全無從置喙，僅能被動接受提名與送交總統任命，實質上完全剝奪行政院應享有之人事任命決定權，顯已逾越憲法上權力相互制衡之界限，自屬牴觸權力分立原則，應自本解釋公布之日起，至遲於屆滿一年時，失其效力。

        聲請意旨又指，公民投票法第十八條於立法院之審議程序，涉及違憲部分，按立法院審議法律案，須在不牴觸憲法之範圍內，依其自行訂定之議事規範為之。法律案經立法院移送總統公布者，曾否踐行其議事應遵循之程序，除明顯牴觸憲法者外，乃其內部事項，屬於議會依自律原則應自行認定之範圍，並非釋憲機關審查之對象，業經本院釋字第三四二號解釋在案。公民投票法第十八條於立法院審議之程序，是否違憲，尚非明顯，有待調查，依現行體制，釋憲機關對此種事實之調查受有限制，依本院上開解釋意旨，此部分應不予解釋。

        至聲請意旨另指公民投票法第二條第二項第四款及第三十一條第四款之規定，有違反憲法第二十七條第一項第四款、第一百七十四條第二款及八十九年四月二十五日修正公布之憲法增修條文第一條第二項第一款規定部分，因九十四年六月十日修正及增訂公布之憲法增修條文第一條、第十二條已明定，憲法修正案應經公民投票複決，故公民投票法第二條第二項第四款及第三十一條第四款之違憲疑義已不復存在，無解釋之必要，應不予受理。