冤獄賠償法第一條規定，就國家對犯罪案件實施刑事程序致人民身體自由、生命或財產權遭受損害而得請求國家賠償者，依立法者明示之適用範圍及立法計畫，僅限於司法機關依刑事訴訟法令受理案件所致上開自由、權利受損害之人民，未包括軍事機關依軍事審判法令受理案件所致該等自由、權利受同等損害之人民，係對上開自由、權利遭受同等損害，應享有冤獄賠償請求權之人民，未具正當理由而為差別待遇，若仍令依軍事審判法令受理案件遭受上開冤獄之受害人，不能依冤獄賠償法行使賠償請求權，足以延續該等人民在法律上之不平等，自與憲法第七條之本旨有所牴觸。司法院與行政院會同訂定發布之辦理冤獄賠償事件應行注意事項（下稱注意事項）第二點規定，雖符合冤獄賠償法第一條之意旨，但依其規定內容，使依軍事審判法令受理案件遭受冤獄之人民不能依冤獄賠償法行使賠償請求權，同屬不符平等原則之要求。為符首揭憲法規定之本旨，在冤獄賠償法第一條修正施行前，或規範軍事審判所致冤獄賠償事項之法律制定施行前，凡自中華民國四十八年九月一日冤獄賠償法施行後，軍事機關依軍事審判法令受理之案件，合於冤獄賠償法第一條之規定者，均得於本解釋公布之日起二年內，依該法規定請求國家賠償。

        國家對人民犯罪案件所實施之刑事訴訟程序，在我國有司法審判與軍事審判程序之分，前者係由司法機關依據刑事訴訟法實施，後者則由軍事機關依據軍事審判法實施，但兩者之功能及目的，同為對犯罪之追訴、處罰。司法審判程序源自憲法第七十七條規定之司法權，軍事審判程序則係由立法機關依據憲法第九條：「人民除現役軍人外，不受軍事審判」之規定，以現役軍人負有保衛國家之特別義務，基於國家安全與軍事需要，對其所為特定犯罪而設之特別刑事訴訟程序（軍事審判法第一條參照）；惟軍事檢察及審判機關所行使對特定犯罪之追訴、處罰權，亦屬國家刑罰權之一種，具司法權之性質，其發動與運作，不得違背憲法第七十七條、第八十條等有關司法權建制之憲政原理，其涉及軍人權利之限制者，亦應遵守憲法相關規定（本院釋字第四三六號解釋參照）。是則司法審判與軍事審判兩種刑事訴訟程序，在本質上並無不同，人民之自由、權利於該等程序中所受之損害，自不因受害人係屬依刑事訴訟法令或依軍事審判法令受理之案件而有異，均得依法向國家請求賠償，方符憲法上平等原則之意旨。

        如上所述，軍事審判法既屬特別之刑事訴訟法，冤獄賠償法第一條規定：「依刑事訴訟法令受理之案件，具有左列情形之一者，受害人得依本法請求國家賠償：一、不起訴處分或無罪之判決確定前，曾受羈押者。二、依再審或非常上訴程序判決無罪確定前，曾受羈押或刑之執行者（第一項）。不依前項法令之羈押，受害人亦得依本法請求國家賠償（第二項）」，其規範國家對犯罪案件實施刑事訴訟程序致人民身體自由、生命或財產權遭受損害而得請求國家賠償之範圍，依文義解釋，固可包含依軍事審判法令受理之案件遭致上述冤獄之受害人，而符合憲法平等原則之要求。惟依立法者明示之適用範圍及立法計畫，冤獄賠償法之適用僅限於司法機關依刑事訴訟法令受理案件所致身體自由、生命或財產權受損害之人民，不包括軍事機關依軍事審判法令受理案件所致上開自由、權利受同等損害之人民，故無須為上開之解釋。蓋立法機關制定冤獄賠償法，自四十一年十二月提案，至四十八年六月二日三讀通過（立法院公報第十二會期第四期第二十九、三十九至四十四頁；第二十三會期第十五期第五十九、七十二頁參照），依其審議內容及過程，立法者係為對人民犯罪案件因國家實施刑事程序，符合該法第一條所定要件者，賦予遭受冤獄之人民向國家請求賠償之權利，以維人權，以拯無辜（立法院公報第十二會期第四期第三十九頁；第二十三會期第十一期第十一、二十九、四十、四十八、五十頁；第十二期第十二、三十九、四十八頁參照），但以其時國家情勢動盪，尚處動員戡亂及戒嚴時期，為維持軍令、軍紀，遷就當時環境，不宜將軍事審判冤獄賠償事項同時訂入冤獄賠償法（立法院公報第二十三會期第十一期第八頁；第十二期第六、三十五、三十七、三十八頁參照），遂認軍事機關依軍事審判法令與司法機關依刑事訴訟法令受理案件所致冤獄之賠償，應分別規範，因而於該法三讀通過時，決議函請行政院擬定軍事審判之冤獄賠償法案函送立法院審查（立法院公報第二十三會期第十五期第七十二頁參照）。足見冤獄賠償法第一條所規定冤獄賠償之範圍，不包括軍事機關依軍事審判法令受理案件所致冤獄之受害人。惟人民包括非軍人與軍人，刑事冤獄包括司法審判與軍事審判之冤獄，除有正當理由外，對冤獄予以賠償，本應平等對待，且戒嚴時期軍事審判機關審理之刑事案件，因其適用之程序與一般刑事案件所適用者有別，救濟功能不足，保障人民身體自由，未若正常狀態下司法程序之周全（本院釋字第四七七號解釋參照），對於其致生之冤獄受害人，更無不賦予賠償請求權之理。是根據冤獄賠償制度之目的，立法者若對依軍事審判法令受理案件所致身體自由、生命或財產權，遭受與依刑事訴訟法令受理案件所致同類自由、權利同等損害之人民，未賦予冤獄賠償請求權，難謂有正當理由，即與憲法平等原則有違。

        查規範軍事審判所致冤獄賠償之法律，迄今仍未制定，致使遭受該等冤獄之軍人或非軍人，自冤獄賠償法於四十八年九月一日施行後，至七十年六月三十日，全無法律得據以請求國家賠償，迨同年七月一日之後，雖得依國家賠償法第十三條：「有審判或追訴職務之公務員，因執行職務侵害人民自由或權利，就其參與審判或追訴案件犯職務上之罪，經判決有罪確定者，適用本法規定」之規定，請求國家賠償；但該條規定之請求賠償要件，顯較冤獄賠償法第一條嚴格，以致依軍事審判法令受理案件遭受冤獄之人民，極難請求國家賠償，其與依刑事訴訟法令受理案件遭受冤獄之人民相較，仍屬未具正當理由之顯著差別待遇，若仍令因依軍事審判法令受理案件遭受冤獄之受害人，不能依冤獄賠償法行使賠償請求權，益足延續人民在法律上之不平等，就此而言，自與憲法第七條之本旨有所牴觸。至於司法院與行政院會同訂定發布之前開注意事項，乃主管機關為適用冤獄賠償法，依職權訂定之解釋性行政規則，其第二點規定：「本法第一條第一項所稱受害人，指司法機關依刑事訴訟法令執行羈押之被告，或裁判確定後之受刑人，具有該項第一款或第二款之情形者而言。第二項所稱受害人，指非依刑事訴訟法令所拘禁之人而言。但仍以法院就其案件有審判權者為限」，雖符合冤獄賠償法第一條規定之意旨，但依其規定內容，使依軍事審判法令受理案件遭受冤獄之受害人，不能依冤獄賠償法行使賠償請求權，同屬不符平等原則之要求。

        為符首揭憲法規定之本旨，立法者固有其自由形成之空間，在冤獄賠償法修正施行前，或規範軍事審判所致冤獄賠償事項之法律制定施行前，凡自四十八年九月一日冤獄賠償法施行後，軍事機關依軍事審判法令受理之案件，如合於冤獄賠償法第一條之規定者，均得依該法規定請求國家賠償，該法第十一條所定聲請期限二年，應從本解釋公布之日起算。至於冤獄賠償法第四條第一項規定：「冤獄賠償，由原處分或判決無罪機關管轄。但依第一條第二項規定請求賠償者，由所屬地方法院管轄」，注意事項第五點亦僅規定冤獄賠償由普通法院或檢察署管轄，於本解釋公布後，該等管轄規範均有不足，依軍事審判法令受理案件致生之冤獄賠償事件，其原處分或判決無罪或原受理之軍事檢察或審判機關，已因軍事審判法於八十八年十月二日修正公布而裁撤或改組，自應由承受其業務之軍事檢察署或法院管轄，有關該類冤獄賠償事件之初審組織、決定方式及決定書之送達，得依注意事項第十三點、第十四點規定意旨，準用軍事審判法相關規定。俟相關法令修正或制定施行後，上開程序事項則依修正或制定之法令辦理。

        又冤獄賠償法第十七條第四項規定：「受害人就同一原因，已依其他法律受有損害賠償者，應於依本法支付賠償額內扣除之」，戒嚴時期人民受損權利回復條例第六條、戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例第十五條之一第三款、二二八事件處理及補（賠）償條例第二條等規定，均與冤獄賠償法第一條規定部分競合，而人民於戒嚴時期犯內亂、外患、懲治叛亂條例或檢肅匪諜條例等罪，依戒嚴法第八條及行政院訂定發布之台灣地區戒嚴時期軍法機關自行審判及交法院審判案件劃分辦法（按已經行政院於七十六年七月十五日廢止）第二條規定，係屬軍事審判，本解釋公布後，依本解釋意旨辦理上開軍事審判冤獄賠償事件時，自應注意該等相關規定，以避免同一原因事實重複賠償或補償，併予敘明。