一、憲法為國家根本大法,其修改關係憲政秩序之安定及全國國民之福祉至鉅,應由修憲機關循正當修憲程序為之。又修改憲法乃最直接體現國民主權之行為,應公開透明為之,以滿足理性溝通之條件,方能賦予憲政國家之正當性基礎。國民大會依憲法第二十五條、第二十七條第一項第三款及中華民國八十六年七月二十一日修正公布之憲法增修條文第一條第三項第四款規定,係代表全國國民行使修改憲法權限之唯一機關。其依修改憲法程序制定或修正憲法增修條文須符合公開透明原則,並應遵守憲法第一百七十四條及國民大會議事規則有關之規定,俾副全國國民之合理期待與信賴。是國民大會依八十三年八月一日修正公布憲法增修條文第一條第九項規定訂定之國民大會議事規則,其第三十八條第二項關於無記名投票之規定,於通過憲法修改案之讀會時,適用應受限制。而修改憲法亦係憲法上行為之一種,如有重大明顯瑕疵,即不生其應有之效力。所謂明顯,係指事實不待調查即可認定;所謂重大,就議事程序而言則指瑕疵之存在已喪失其程序之正當性,而違反修憲條文成立或效力之基本規範。國民大會於八十八年九月四日三讀通過修正憲法增修條文,其修正程序牴觸上開公開透明原則,且衡諸當時有效之國民大會議事規則第三十八條第二項規定,亦屬有違。依其議事錄及速記錄之記載,有不待調查即可發現之明顯瑕疵,國民因而不能知悉國民大會代表如何行使修憲職權,國民大會代表依憲法第一百三十三條規定或本院釋字第三三一號解釋對選區選民或所屬政黨所負政治責任之憲法意旨,亦無從貫徹。此項修憲行為有明顯重大瑕疵,已違反修憲條文發生效力之基本規範。