行政院委託竹科和交大辦理的矽導計畫，在民國92年委託交大代辦竹科大鵬廠房改裝工程，負責監造採購等工作的決策小組副召集人、交大前建築研究所(劉育東)所長，涉嫌圖利廠商兩百多萬元，並以免於審查名義，讓部分得標廠商，在完全無監督機制下，快速得到兩億多元的工程款，全案經新竹地院審理終結，依貪污罪名，判處劉育東五年四個月徒刑。

      判決書中指出，前交大建築研究所長劉育東，被控在九十二年間委辦「矽導竹科研發中心」時，讓專案管理的仲觀事務所，在沒有參與審查的情況下，平白獲得兩百五十萬元服務費，以補償仲觀事務所在交大安藤忠雄美術館案上的損失，合議庭法官認定有圖利事實，依貪汙罪判處劉育東有期徒刑五年四個月。

      另外，包括檢方和院方在偵查和審理過程中，發現行政院矽導計畫研發中心，地點位於竹科原飛利浦大鵬廠房，由於廠房在改裝後，進駐廠商卻發現廠房根本無法使用，不但漏水，就連管線配置都凌亂不堪，離譜的是也沒有管線圖可供修改，但整個改建工程卻花掉三億多元，檢察官當時就以﹂太離譜了」來形容。法官在判決書中也載明，被告劉育東主導的矽導計畫研發中心完工後，仍有多處缺失實不宜寬縱，且被告犯後飾詞卸責、未見悔意，態度非佳，因而判處五年四個月徒刑。

      不過現職亞洲大學副校長的劉育東，在獲知判刑後，由高希鈞和多位交大、建築學界人員陪同下，召開記者會大聲喊冤，強調會再上訴爭取清白。