民事案件，法院可以認為湮滅證據的當事人作賊心虛，而推定另一方當事人所提出主張是真的，採為判決基礎事實。 刑事案件，由於無證據不得認定犯罪事實，應判決被告無罪，而無罪判決為實體判決，新證據受到「既判力效力」所遮斷，縱有新證據，仍無法提起上訴，雖不可用通常救濟程序提出救濟，但仍可依特別救濟程序，為被告不利益聲請再審以為救濟。

證據被對方破壞了，可以怎麼做

民事案件

如果是民事案件，有一造為了勝訴，湮滅證據，殺害證人，是否被發現的情形。法院依據民事訴訟法第２８２之１規定：「當事人因妨礙他造使用，故意將證據滅失、隱匿或致礙難使用者，法院得審酌情形認他造關於該證據之主張或依該證據應證之事實為真實。前項情形，於裁判前應令當事人有辯論之機會。」白話一點，就是法院認為是湮滅證據的當事人作賊心虛，所以就推定另一方當事人所提出主張是真實的，採為判決基礎事實。

刑事案件

若是刑事案件，因為刑事訴訟法第１５４條第２項規定：「犯罪事實應依證據認定之，無證據不得認定犯罪事實。」所以若尚未發現證據，無法推定被告的罪行，因此法院會依刑事訴訟法第３０１條第１項作出無罪判決：「不能證明被告犯罪或其行為不罰者應諭知無罪之判決。」

而無罪判決為實體判決，新證據受到「既判力效力」所遮斷，縱使有新證據，仍然無法提起上訴。但因為該案件可能涉及到的有「原判決所憑之證物已證明其為偽造或變造者」，或是「原判決所憑之證言、鑑定或通譯已證明其為虛偽者」，或是湮滅證據的情形。若是後來有發現證據是偽造或變造，或認為有新證據證明該證據已經被湮滅的情形。雖不可以用通常救濟程序（上訴）提出救濟，但仍可依特別救濟程序的刑事訴訟法第４２２條為被告不利益聲請再審：「有罪、無罪、免訴或不受理之判決確定後.......第１款：『有第四百二十條第一款、第二款、第四款或第五款之情形者』，或第２款：『受無罪或輕於相當之刑之判決，而於訴訟上或訴訟外自白，或發現確實之新證據，足認其有應受有罪或重刑判決之犯罪事實者。』......等情形為受判決人之不利益，得聲請再審。」所以仍然可以提出再審之訴以為救濟。