關於公平交易法的檢舉函覆，是可以提起救濟，向來引起學界討論，有三種不同的看法：

（一）否定說：公平交易法並沒有與專利法相同的規定，且其性質既然屬國民基於公益發動公權力的行使，主管機關處理與否對檢舉人權益並沒有發生任何影響，相關的函覆自然不是行政處分，而是觀念通知的一種，檢舉人不可以對它提起行政爭訟。

（二）肯定說：基於「保護規範理論」認為法律對違法行為的處罰，也兼有保護私人法益的作用，主管機關認定檢舉不成立的函覆，很難說對被檢舉人的法律地位沒有造成影響，所以應該把它當作行政處分。

（三）折衷說：這種說法認為行政機關執行法律，原則上是基於公益而來，人民向行政機關單純檢舉或告發他人的違法行為，促使行政機關加以取締或處置，原則上也是存公益而進行，不是行使本身的法律上請求權，所以接受檢舉機關對檢舉人函覆處理結果，只是為「觀念通知」，告訴當事人：「檢舉事項不成立，不願意查處」並不是拒絕的行政處分，對他權益有何限制嗎？相反的，檢舉人檢舉他人所根據的法律規定，它規範目的除了為了達成公益之外，如也在保護檢舉人的個人利益，而且檢舉人也請求行政機關作成行政處分性質的取締措施，此時行政機關所為檢舉不成立的函覆，即有行政處分的性質，檢舉人可以對行政機關提起訴願及課予義務訴訟。

上開學說爭議，我國實務上比較傾向折衷說者，比如說行政法院第89年度裁字第732號裁定認為：「依公平交易法第26條規定為檢舉者，僅為促使公平交易委員會為職權調查處理之發動，任何人對於違反公平交易法規定，危害公共利益之情事，均得為檢舉，至於得否對其檢舉案調查處理之結果提起訴願、仍以公平交易委員會之調查處理是否致其權益受損為斷，非謂檢舉人不問其是否因該調查處理而受損，均得對之提訴願」

但是近年來最高行政法院則多採否定說，如：
（一）最高行政法院93年度裁字第1537號裁定即稱：「另相對人基於抗告人之檢舉，依公平交易法第26條規定，對台北漁產公司進調查，抗告人之檢舉非行政訴訟法第5條所稱之『依法規之聲請』，且相對人業據抗告人檢舉進行調查，並無應作為而不作為之情事，亦非對於抗告人依法之申請為駁回之處分，揆諸前揭規定，抗告人茍係提起課予義務之訴，亦顯屬不備要件。此查相對人對於檢舉人所為之答復函，在訴願法及行政訴訟法修正前，為配合僅有撤銷訴訟的唯一救濟管道，在檢舉人能主張其權益因相對人之調查處理受損之情況下，權宜的認為檢舉人可提撤銷訴訟；惟新法施行後，救濟途徑增加，非只有行政處分才能獲得救濟，且救濟途徑與行政行為之間，有法定的適用關係，舊法時期個案須要救濟為由，所為之權宜措施，即認定相對人對於檢舉人之答復係行政處分一節，已失其正當性。蓋撤銷訴訟只發生使檢舉人不獲得答覆之效果，應非抗告人請求權利保護之目的；如檢舉人得請求行政機關作成行政處分，在訴訟種類的適用上，屬於課予義務訴訟之範疇，惟課予義務訴訟，僅適用於人民依法申請之事件，無論是申請對自己作成處分，或例外對他人作成處分，均須有法律明文規定，但查公平交易法並無檢舉人得提起課予義務訴訟之規定；本法施行後，對於人民依法申請作成行政處分以外之其他非財產上給付事件，如檢舉人請求相對人對事業是否有違反公平交易法規定、危害公共利益之情事，為調查處理事件，相對人如有違法，檢舉人似不妨適用一般給付訴訟請求救濟；惟其救濟範疇，亦僅止於相對人是否依法調查，以及是否於合理的期間內完成調查結果通知檢舉人等，要不包括對被檢舉人作成不利益（符合檢舉內容）的行政處分在內。抗告人以『本件訴訟既不備起訴要件』為由裁定，駁回抗告人在原審之訴。揆諸前開說明，認事用法均妥適，並無違誤，抗告意旨指摘原裁定違誤之詞，尚難認有理由，應予駁回」

（二）最高行政法院94年度裁字第2485號裁定，也說：「查所謂行政處分，依行政程序法第92條第1項及訴願法第3條第1項規定係指中央或地方機關就公法上具體事件所為之決定或其他公權力措施而對外直接發生法律效果之單方行政行為而言。且按公平交易法第26條規定：「公平交易委員會對於違反本法規定，危害公共利益之情事，得依檢舉或職權調查處理」尚且不是主管機關應該依照檢舉，以檢舉人與被檢舉人為處分對象，作成行政處分的規定。則檢舉人依上開規定進行檢舉，而主管機關經調查後所為不予處分的函覆不是行政處分，而沒有應於法令所定期間內應作為而不作為，或對於檢舉人依法申請的案件予以駁回的事情。抗告人對不屬於行政處分的該件公平會檢舉書函提起課與義務訴訟，是為起訴不備要件，並不是合法。從而，抗告人以其對法律上見解之歧異，指摘原裁定為不當，尚無可採。本件抗告難認為有理由，應予駁回」

基於上面學理及實務見解所說，主張肯定說者就認為檢舉的法律兼具有保護私人法益的作用，所以主管機關認定檢舉不成立的函覆為行政處分，所以依此說，檢舉人於提起訴願後，可以提出行政訴訟，因為「依法」向行政機關提出申請，而行政機關卻置之不理，所以可依行政訴訟法第5條第1項規定提起怠為處分之課予義務訴訟：相反的，如果採取否定說，則照前面的最高行政法院判決所說，檢舉人提起課予義務之訴，是起訴不備要件，並非合法，應該加以駁回。