緊急命令係總統為應付緊急危難或重大變故，直接依憲法授權所發布，具有暫時替代或變更法律效力之命令，其內容應力求周延，以不得再授權為補充規定即可逕予執行為原則。

馬政府定調不發布緊急命令的主要理由之一，是認為《災害防救法》「該有的都有」。但前總統李登輝的國安會重要幕僚前陸軍副司令、前國安會秘書處處長劉湘濱卻說，災害防救法僅適用小型災害，不適合國家級災難，緊急命令是為了讓指揮體系更有效率，最重要是「師出有名」；他認為馬政府至今不發布緊急命令，簡直就是「莫名其妙」。

救災視同作戰，國家級救難體系首要的就是能指揮軍隊，為動用軍隊，因此要緊急命令；同時，救災要調動很多錢，緊急命令不受預算法限制，可以排擠舉債上限；另也能簡化行政程序，如劉揆之前到處發飆橋蓋不好，此時不用緊急命令修橋，走一般行政程序，斷的橋還不知要蓋多久。

總統頒布緊急命令之規定

由於憲法第４３條已遭憲法增修條文第２條第３項所凍結，所以要看緊急命令的相關規定，須看憲法增修條文第２條第３項：「總統為避免國家或人民遭遇緊急危難，或應付財政經濟上之重大變故，得經行政院會議之決議發布緊急命令，為必要之處置，不受憲法第四十三條之限制。但須於發布命令後十日內提交立法院追認，如立法院不同意時，該緊急命令立即失效。」
　　

依據大法官釋字第５４３號解釋文：「緊急命令係總統為應付緊急危難或重大變故，直接依憲法授權所發布，具有暫時替代或變更法律效力之命令，其內容應力求周延，以不得再授權為補充規定即可逕予執行為原則。若因事起倉促，一時之間不能就相關細節性、技術性事項鉅細靡遺悉加規範，而有待執行機關以命令補充，方能有效達成緊急命令之目的者，則應於緊急命令中明文規定其意旨，於立法院完成追認程序後，再行發布。」
　　

緊急命令是由憲法直接授權，雖其名為「命令」，但與一般命令畢竟有所差異。一般命令授限於法律保留原則，原則上不得直接規定處罰方式，因為避免侵害人權，若有對人身易造成侵害或剝奪的處罰方式，應交由法律規範來做制裁。但緊急命令是總統為因應重大變故，依據憲法直接授權暫時替代或變更法律的命令，若經立法院追認，其位階相當於法律，甚至優於法律，所以自可排除預算法的適用，若用來因應莫拉克風災後災民的窘境，其不失是一種速效藥。此有公庫法施行細則第２５條：「關於緊急命令劃撥之經費，得由公庫主管機關以函、電分別通知代理公庫之銀行或郵政機關及請領機關，先行撥付，並即補填支付書，依本細則第二十三條第一項及第二項規定辦理。前項經費之劃撥及通知，應依前條規定辦理」，可見一斑。
　　

而災害防救法第４３條也有關於災害救助經費不受預算法第６２條總預算及６３條歲出分配預算的限制，足見災害防救法預算問題不見得緩不濟急。但差別在於災害防救法只有罰鍰，沒有像之前九二一震災緊急命令有刑責的處罰規定。而對於利用災害哄抬物價、囤積物資該法卻無加重處罰之明文。以及災害防救法卻無可以調動國軍協助的明文規定，國軍卻可有緊急命令的方式調派支援。